Wie auch Sokrates, Platon und Augustinus war Descartes ein Rationalist. Nach seiner Ansicht gibt es sichere Erkenntnis nur durch die Vernunft. Je einleuchtender etwas für das Denken ist, umso sicherer ist seine Existenz. Ein Rationalist glaubt, wenn die Vernunft etwas ganz klar und deutlich erkennt, dann muss es auch so sein. Er hat Vertrauen in das Wesen des Denkens. Descartes begründet sein Vertrauen damit, dass er die Präsenz eines vollkommenen Wesens in seinem Denken erlebt, und es der Natur dieses Wesens entspricht, real zu sein. Was wir mit der Vernunft erkennen, wie die mathematischen Verhältnisse in der Welt, entspricht deshalb auch der Wirklichkeit. Alte Bücher hingegen und sogar die Sinneswahrnehmung sind entweder nicht zuverlässig oder nicht vollständig. Neben Descartes gab es im 17. Jahrhundert noch weitere wichtige Rationalisten, wie Spinoza und Leibniz. Sie beschäftigen sich mit der Frage, was wir wissen können, und ob unsere Erkenntnisse mit Sicherheit der Wahrheit entsprechend sind. Zusätzlich steht die Frage im Raum, wie das Verhältnis von Körper und Seele zu verstehen ist.
Eine zur Zeit von Descartes verbreitete Meinung besteht darin, dass sich der Mensch damit abfinden muss, zu seinen großen Fragen keine Antworten finden zu können, die der Vernunft zugänglich sind und so Gewissheit geben. Einige Philosophen vertraten diese Ansicht, um Raum zu lassen für Religion und Glaube. Aber Descartes war damit nicht einverstanden. Zu seiner Zeit etablierte sich eine wissenschaftliche Methode, die auf genauer Beobachtung und sorgfältigen Experimenten beruhte, um eine präzise Naturbeschreibung zu liefern. Dabei wurden viele Naturgesetze, die das Verhalten von Objekten beschreiben, mathematisch abgebildet. Die physische Welt wurde mit ihren mechanischen Gesetzen erfasst, und damit geht die Frage einher, ob sich auch Lebewesen wie Pflanzen, Tiere und Menschen auf mechanische Gesetze zurückführen und reduzieren lassen. Der Körper eines lebenden Organismus besteht aus den Bausteinen, welche die Physik beschreibt, und er unterliegt deshalb auch den Gesetzen der Mechanik. Aber die Philosophie beschäftigt sich nicht nur mit dem Körper. Sie ist auch interessiert an der Seele, und Descartes wollte für alle Aspekte der Wirklichkeit einen sicheren Weg zur Erkenntnis finden.
Descartes hat Schwierigkeiten, Traum und Wachzustand sicher zu unterscheiden. Er hat kein volles Vertrauen in seine Sinneswahrnehmung. Er ist sich jedoch sicher, dass er zweifelt, und folglich auch sicher, dass er denkt. Er findet Gewissheit darin, ein denkendes Wesen zu sein. Das denkende Ich ist für Descartes wirklicher als die Welt, die er mit den Sinnesorganen wahrnimmt, und von diesem Punkt aus arbeitet er weiter. Descartes Bestreben war es, für die Erforschung der Seele eine Methode zu entwickeln, die genauso präzise und einleuchtend ist wie die Methode, mit der die Körper der räumlichen Welt beschrieben werden. Er möchte mit mathematischer Methode und Präzision philosophieren. Dabei versucht er, wie ein Naturwissenschaftler ein Problem in immer kleinere Teile zu zerlegen und sich dann vom Einfachen zum Komplizierten vorzuarbeiten.
In diesem Artikel wird Seele und Geist nicht unterschieden. Die ursprüngliche Bedeutung beider Worte ist Lebenshauch oder Atemzug. Im 17. Jahrhundert war das Bestreben dominant, die lebenden Organismen, also auch den Mensch, als rein mechanischen Prozess zu erklären. Bei der Erklärung derartiger Prozesse wurden in dieser Zeit große Fortschritte gemacht. Aber wie passt die Seele in dieses Weltbild? Wird sie überhaupt noch gebraucht? Kann etwas Geistiges auf einen mechanischen Prozess wirken, oder auch umgekehrt? Sowohl Platon also auch Descartes ziehen eine klare Grenze zwischen Körper und Seele.
Was wir mit der Vernunft denken, geschieht für Descartes in der Seele, und nicht im Körper. Er betrachtet den Mensch als Doppelwesen, der sowohl Körper als auch Seele hat, und grenzt ihn so vom Tier ab, das er auf die körperliche Ebene reduziert und den mechanischen Gesetzen verpflichtet sieht. Der Körper gehört zur räumlichen oder auch materiellen Wirklichkeit. Er hat eine Ausdehnung. Die Seele gehört zur geistigen oder auch bewussten Wirklichkeit. Descartes ist Dualist, teilt die Welt auf in Ausdehnung und Denken. Die Seele des Menschen betrachtet Descartes als unabhängig vom Körper. Sie existiert also weiter, auch nachdem der Körper verstorben ist. Es gibt zu Lebzeiten des Körpers eine Wechselwirkung zwischen Körper und Seele. Die Seele wird andauernd mit Empfindungen konfrontiert, die aus den Bedürfnissen des Körpers stammen. Das Ziel ist es, der Seele die Führung zu übertragen. Sie soll sich unbeirrt von den Vorlieben und Sympathien des Körpers der Vernunft zuwenden. So finden wir Wahrheit. Denn was wir mit der Vernunft denken, ist kein Prozess im Körper, sondern wir tun es in der Seele.